Plusieurs sites archéologiques du néolithique, comme « la Pierre Procureuse » entre L’Hermitière et Gémages, attestent de l’ancienneté de l’occupation humaine dans la région.

La plus grande partie du Perche, bien que cela ne soit pas clairement défini, était située sur le grand territoire du peuple celtique des Carnutes, qui y aurait exploité le fer. On peut y voir l’origine partielle de l’appartenance des coutumes du Perche au groupe de celles du pays de Chartres et de l’Orléanais.

La forte identité du Perche tient en partie à son droit coutumier avant la révolution: « la coutume du Perche » ou plutôt « les coutumes du Perche », distinctes de la coutume de Normandie, de celle du Maine et celles de l’Ile-de-France.

Le comté se constitua par la fusion du comté de Mortagne, du vicomté de Châteaudun et la seigneurie de Nogent-le-Rotrou.

La proximité de la Normandie en fait du X siècle au XV siècle une province stratégique pour les rois de France.
En 1227, il fut inclus dans le domaine royal français. Une partie du Perche fut alors démembrée pour constituer le comté d’Alençon au profit de Pierre I d’Alençon, fils de France. Cependant, il réintégra le domaine royal en 1283. Il fut, une seconde fois, en partie adjoint au comté d’Alençon pour Charles II d’Alençon, comte d’Alençon et du Perche en 1326. La maison d’Alençon s’éteint en 1525 et le duché d’Alençon et comté du Perche font retour au domaine royal.

La Renaissance est un temps fort de l’histoire percheronne : la région se couvre de manoirs et l’industrie locale (étamines à Nogent, minerais…) approvisionne Paris. Le principal ministre d’Henri IV, Sully, est marquis de Nogent-le-Rotrou, où il est enterré. Le Perche est aussi la région natale du poète Rémy Belleau, membre de la Pléiade.

À partir de 1634 un mouvement d’émigration percheronne vers la Nouvelle-France s’amorce, grâce au pouvoir de persuasion de Robert Giffard, un apothicaire de Tourouvre. Il ne doit pas être attribué à la misère, mais plutôt à l’esprit d’aventure. En une trentaine d’années, 146 adultes, exerçant divers métiers souvent liés à la construction (maçon, menuisier, charpentier, briquetier, etc.), soit 80 familles, vont ainsi entreprendre le grand voyage. Quelques-uns vont revenir au pays, mais la grande majorité choisit de s’établir sur les rives du fleuve Saint-Laurent pour y défricher et faire prospérer les terres nouvelles.

Au Québec, c’est probablement toute la population de souche Canadienne-Française qui peut retracer un ancêtre Percheron dans son arbre généalogique, directement ou indirectement.

Leur descendance est aujourd’hui estimée à 1 500 000 personnes au Canada, en dehors du Québec. Beaucoup plus sans doute si on tient compte d’un important essaimage dans toute l’Amérique du Nord (Nouvelle-Angleterre et Louisiane, plus particulièrement). La famille qui compte le plus de descendants est la famille Tremblay qui remonte entièrement à un seul ancêtre Pierre Tremblay, natif de Randonnai. Le nombre total de ses descendants nord-américains est estimé à environ 180 000.

L’une des plus petites provinces du royaume à la fin de l’Ancien Régime, où elle est intégrée dans le gouvernement du Maine-et-Perche, avec le Maine. Le Perche conserve une forte identité régionale en dépit de son morcellement en départements à la Révolution entre l’Orne (Mortagne-au-Perche), l’Eure-et-Loir (Nogent-le-Rotrou), la Sarthe (Montmirail) et le Loir-et-Cher.

Aujourd’hui, l’éclatement entre les modernes régions Basse-Normandie, Centre et Pays de Loire contribue à masquer la cohérence physique, géographique et historique de cette ancienne Province.

Au XIX siècle, la région est désenclavée par l’arrivée du chemin de fer. Le Perche exporte ses chevaux en Amérique où ils participent à la conquête de l’Ouest. L’agriculture se spécialise progressivement dans l’élevage équin et bovin, ainsi que dans la production cidricole. Les clivages politiques toujours d’actualité se forment à cette période : le Perche ornais, longtemps bonapartiste et clérical, reste plutôt conservateur, tandis que le Perche d’Eure-et-Loir a une tradition radicale. Paul Deschanel, député de Nogent-le-Rotrou, sera brièvement président de la République après la Grande Guerre.